Добрый день.
Цитата: Мне в налоговой сказали, что налоги перечисляются туда где зарегистрированы сотрудники, по которым мы отчитываемся.
Видимо, эти сотрудники никогда не заглядывали в налоговый кодекс:
Цитата: 7. Совокупная сумма налога, исчисленная и удержанная налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признается источником дохода,уплачивается в бюджет по месту учета (месту жительства)налогового агентав налоговом органе, если иной порядок не установлен настоящим пунктом.
Иной порядок для ИП на ОСНО не установлен.
Цитата: 7. Плательщики, указанные в подпункте 1 пункта 1 статьи 419 настоящего Кодекса (за исключением физических лиц, производящих выплаты, указанные в подпункте 3 пункта 3 статьи 422 настоящего Кодекса),представляют расчет по страховым взносамне позднее 30-го числа месяца, следующего за расчетным (отчетным) периодом, в налоговый орган по месту нахождения организации и по месту нахождения обособленных подразделений организаций, которые начисляют выплаты и иные вознаграждения в пользу физических лиц,по месту жительства физического лица, производящего выплатыи иные вознаграждения физическим лицам.
Платите, соответственно, туда же, куда сдаёте отчётность.
Либо вы просто не так поняли ответ налоговой: они сказали платить туда же, куда отчитываетесь.